1、系统结构：风冷式机组采用空气冷却方式（风扇降温）；水冷机组采用冷却水冷却方式，水泵加冷却塔及循环管路对机组循环降温。从结构上水冷要复杂于风冷。

2、冷量：水冷机组从冷量和用电量来说略优于风冷机组。

3、适用范围：风冷制冷机组适用于所处地域水源紧张的地区，风冷机组采用空气冷却方式，省去了冷却水系统所必不可少的冷却塔、冷却水泵和管道系统，避免水质过差地区造成冷凝器结垢、水管堵塞，还节约了水资源，是目前制冷设备产品中，保养维修经济低、较简单的机种之一。

4、不同的冷库分间，会导致相同容积的冷库造价不同，这是因为分间的多少回影响冷库设备、保温板等不同。

5、冷库的用途不同设计方案也不同，需要依照使用作用进行设计，比如如果存放易燃易爆品则要用到化工防爆库，如果是疫苗类冷库，就要用到符合gsp药品管理规范标准。